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日本時代臺灣總督府於1897年規定鴉片專賣，並陸續將樟腦（1899年）、食鹽（1899年）、菸草（1906年）、酒（1922年）等納入專賣事業。「臺灣總督府專賣局臺北南門工場」創建於1899年，為製造及試驗樟腦、鴉片等兩大專賣品的重要生產基地，1901年改稱南門工場，1931年再改名為臺北南門工場，是日本時代臺灣唯一的公營樟腦加工廠。

戰後本工場由政府接收，1947年二二八事件後，臺灣專賣（公賣）業務縮減為菸、酒、樟腦三項，本工場於1952年改稱臺灣省樟腦煉製廠、1956年再改名為臺灣省樟腦廠。1967年12月樟腦開放民營，本工場遂停工廢廠。今日建築物僅有物品倉庫（小白宮）、樟腦倉庫（紅樓）和四百石貯水槽，現存基地面積不及日治時期的八分之一。

1998年，南門工場由內政部指定為國定古蹟，2004年起臺灣博物館配合文化部（原行政院文化建設委員會）首都文化園區計畫，建構「臺灣博物館系統」，將都市中的歷史空間整頓再利用為博物館空間。2006年本工場土地建物由國有財產局撥交臺灣博物館，將古蹟建築物再利用為展示館並新建一棟典藏庫房，由詹益忠建築師事務所負責修復再利用之規劃設計。本工場修復過程宛如建築歷史的解剖，涉及建築設計、結構、機電設備、保存、考古、傳統工藝、歷史和工程等專業領域合作。