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芝山岩有發掘出約2500年前先人遺骸的考古探坑，有著許多重要的寶藏，有許多的考古資源，6000年來發展演繹出7個文化層遺跡，是活的考古教室。1896年曾發生反抗日本的義軍襲擊日籍教師事件，史稱「芝山岩事件」，光復後亦曾為情報局的軍事重地。近年在臺北市文化局的規劃下，利用這裡的彈藥庫改建成為展示館，民眾除了在芝山的自然棧道之中，享受自然外，還可以來這展示館，了解芝山的人文背景，探索臺北城最深層的秘密。

芝山岩展示館為內，結合芝山的自然生態及地質景觀，1樓是屬於實體的展示室：地層模型，清楚的看到地層的紋路及每一層的變化；全區模型，鳥瞰芝山岩全貌；陶器復原模型，看看先民所用的器具，從粗糙到細緻的演變過程。

1樓有許多的解說看板，像是史前考古走廊，介紹考古的歷程及發現，動物及植物的生態、地質解說、生物解說等等，讓民眾了解芝山的故事。2樓是結合多媒體的教室，有DIY教室、動手畫創意，發揮自己的巧思，放映室不定期的生態影片欣賞、觀察小窗。

另外這裡還有一間小小主播體驗棚，讓小朋友體驗播報新聞的樂趣。展示館的設置是保存芝山岩文化的第一步，在參觀過程中，喚起大家對這塊土地的重視與感情，才是展示館最重要的價值。